防洪指挥部的主要任务包括：汛前部署防洪工作，下达防洪命令和有关文件，检查防洪准备工作，组织复查重点区段和审定预抢工程项目；汛期组织和领导防洪抢险工作；汛后研究善后处理工作，总结当年防洪工作。具体说来，防洪指挥部日常工作的内容如下：
掌握管内铁路沿线江河水库水情及运用情况；掌握铁路沿线病险水库和蓄滞洪区及运用情况；掌握河道的天然和人为改变情况（如河湾变化、沙洲移动和人为采砂、修筑堤坝等）；建立管内防洪图表数据资料档案；掌握沿线运输设备抗洪能力薄弱环节，制定安全度汛措施；掌握病害处所的看守及巡检情况。
使用和维护用于气象、水情、灾情信息接收与传递的技术设备，管理和应用各类防洪资料和数据库，做好与有关单位的联网及信息交换工作，及时将“汛期重点危险地点一览表”传递给车务、机务等相关部门。
建立与同级行车调度、同级有关防洪组织、路外有关单位的联系，互通信息，协调防洪和抢险工作。
制订重点区段防洪抢险方案，督促有关单位做好防洪料具、备用车辆、大型施工机械的调配及抢险队伍的组织等工作。
参加防洪检查；主持制订汛期危及行车安全处所的预抢工程方案，供上级主管部门审定；安排预抢工程的实施。
汛期收集、分析各类气象及水情预报，及时向有关单位传达，并提出防范对策。
参加防洪值班，掌握灾情，随时向领导汇报；传达上级领导对防洪工作的指示；必要时编制防洪抢险快报、简报等。
参加水害抢险，提供抢险及水害复旧工程方案；组织复旧工程的审查、施工及验收工作。
汛后对当年水害资料进行整理分析，总结经验教训，探索铁路防洪规律，为增强设备抗洪能力、减少灾害损失提供依据。
推动防洪及抢险新技术、新设备的开发与应用；组织培训防洪人员，不断提高防洪工作人员的技术业务素质。
组织编制、修订和管理防洪应急预案；建立防洪抢险相关专业专家数据库，保持联系，必要时邀请专家提供咨询意见和建议。
